Os estudantes do IFSC têm até 2 de maio para eleger cinco representantes para o Comitê Gestor de Assistência Estudantil da instituição. Podem concorrer alunos maiores de 16 anos e que não vão se formar nos semestres 2018/1 e 2018/2. O processo de escolha deve ser organizado pelos próprios estudantes.
Para esse processo de escolha, os campi do IFSC foram divididos em cinco regiões, por proximidade geográfica, e cada região terá um representante. Canoinhas faz parte da Região 2, junto com os câmpus Caçador, Lages e Urupema.
A Região 1 é formada pelos campi Florianópolis, Florianópolis-Continente, Palhoça Bilíngue e São José. Na Região 3, estão os campi Chapecó, São Carlos, São Lourenço do Oeste, São Miguel do Oeste e Xanxerê. A Região 4 é formada pelos câmpus Gaspar, Itajaí, Jaraguá do Sul-Centro, Jaraguá do Sul-Rau e Joinville. Por fim, a Região 5 tem os câmpus Araranguá, Criciúma, Garopaba e Tubarão.
Após a escolha do representante de cada região, ela deve ser informada à direção-geral do câmpus no qual o estudante é matriculado, para que o diretor-geral formalize o nome por meio de memorando à Diretoria de Assuntos Estudantis da Pró-Reitoria de Ensino (Proen).
O Comitê Gestor de Assistência Estudantil tem como funções coordenar a implementação da assistência estudantil no IFSC, assessorar o Colégio de Dirigentes na definição anual do financiamento dela e avaliar e propor mecanismos de monitoramento e de verificação de resultados relacionados à assistência estudantil.